Дія відбувається у 1940-х на віддаленому шотландському острові: конвент Святого Августина готується до наближення жорстокої бурі, коли на порозі черниць з'являється немовля в кошику. Те, що мало бути знаком милосердя, стає джерелом страху для Сестри Агнес — вона переконана, що дитина втілює Диявола, і готова позбавити світ цього дивного нечистого. Конфлікт між інстинктом захисту й релігійним фанатизмом тут же загострюється під гнітом стихії.
Коли Агнес ізолюють, щоб запобігти неминучому лиху, в монастирі починає розгортатися низка похмурих і незбагненних подій: буря вирує зовні, а всередині стін — ще більша буря сумнівів і страху. Кожна ніч приносить нові випробування віри; сестри починають ставити під сумнів не лише власні переконання, а й межі реального й надприродного. Атмосфера нагнітається, відчуття клаустрофобії й підозри зростають із кожною миттю.
У центрі цього кошмару — Сестра Елеонор, яка змушена протистояти власним гріхам і шукати спокути, одночасно борючись за виживання конвенту. Фільм зосереджений на внутрішньому конфлікті між милосердям і фанатизмом, показуючи, як страх може зруйнувати віру і людяність. Стримані, але жорсткі образи і похмура естетика підсилюють відчуття провини і невідворотності, перетворюючи Святого Августина на місце, де борються не лише за душі, а й за саме життя.