På 1940‑talet, i ett kargt och isolerat kloster på en skotsk ö, samlar nunnorna sig inför en annalkande storm som hotar att slita dem från omvärlden. St Augustines domineras av dimma, kalla klippkanter och en känsla av att tiden står stilla – en perfekt bakgrund för den spänning som kokar under ytan. Den religiösa ordningens rutiner krockar med naturens obevekliga raseri och öppnar för mörkare tvivel och fruktan bland systrarna.
När ett spädbarn lämnas på klostrets tröskel exploderar situationen i vågor av misstro och oro. Syster Agnes blir övertygad om att barnet är Ondskan själv och vill utplåna det, men efter att hon spärras in börjar ännu märkligare och alltmer våldsamma händelser att inträffa. Stormens rytm blir en bakgrund för paranoia och en serie olycksbådande avslöjanden som vänder klostrets tillvaro upp och ner.
I centrum står Syster Eleanor, som tvingas konfrontera sin egen tro, skuld och behov av botgöring samtidigt som verkligheten glider undan. Hon måste desperat försöka rädda både själar och liv i ett sammanhang där gränsen mellan religiös övertygelse och galenskap suddas ut. Filmen väver tillsammans gotisk atmosfär och psykologisk skräck i en klaustrofobisk berättelse om tro, försoning och hur långt människor kan gå när rädslan tar överhanden.