V 40. rokoch 20. storočia sa v odľahlom škótskom kláštore na ostrove pripravujú sestry na blížiacu sa búrku. Pokoj opatstva je narušený, keď niekto na prah prinesie malé dieťa v košíku — bez mena, bez minulosti. Napätie narastá spolu s vetrom, ktorý bije o kamenné múry, a jednoduchý činom starostlivosti sa rýchlo mení na skúšku viery.
Sestra Agnes je presvedčená, že chlapček je vtelením zla a žiada, aby bol zabitý, čo vkladá celé spoločenstvo do morálneho a psychického konfliktu. Keď ju ostatné sestry uzamknú, aby zabránili tragédii, objavia sa jedna po druhej temné a zlovestné udalosti, ktoré ohrozujú nielen ich pokoj, ale aj samotný zmysel pre realitu. Búrka vonku len podčiarkuje vnútornú búrku strachu, viny a podozrenia.
Ako sa udalosti vyostrujú, sestry začínajú pochybovať o svojej viere, o tom, čo je hriech a čo je záchrana. Sestra Eleanor sa ocitá v strede tohto rozkladu — musí čeliť vlastným prehreškom, hľadať pokánie a zároveň bojovať o prežitie v kláštore sv. Augustína. Film zobrazuje jej vnútorný zápas medzi spasením a zúfalstvom, keď každý rozhoduje o osude ostatných.
The Baby in the Basket je mrazivým príbehom o viere, paranoji a temnote skrytej za náboženskou oddanosťou. V meniacom sa svete, kde búrka odhaľuje skryté chyby a staré tajomstvá, stáva sa otázkou nie len to, čomu veriť, ale aj čo je človek schopný urobiť v mene záchrany duše.