Akcja filmu rozgrywa się w latach 40. XX wieku w odludnym klasztorze na szkockiej wyspie. Gdy nadciąga gwałtowna burza, na progu zakonnej wspólnoty pozostawione zostaje niemowlę — siostra Agnes jest przekonana, że to wcielenie zła i gotowa jest zabić dziecko. Kiedy zostaje zamknięta, cisza klasztoru pęka pod naporem narastającego lęku.
W miarę jak sztorm szaleje na zewnątrz, w murach św. Augustyna zaczynają dziać się ponure i trudne do wytłumaczenia zdarzenia: halucynacje, niespodziewane zgony i stopniowe rozmywanie granic między wiarą a obłędem. Zakonnice, odcięte od świata, muszą stawić czoła własnym winom, tajemnicom i wątpliwościom — modlitwy mieszają się tu z szeptami paranoi i poczuciem winy.
W centrum tej klaustrofobicznej opowieści stoi siostra Eleanor, która próbuje odpokutować i przeżyć ciemne wydarzenia dręczące St. Augustine’s. The Baby in the Basket to mroczny, psychologiczny thriller o wierze, fanatyzmie i moralnych wyborach, który bada, jak strach i skrywane grzechy potrafią zniszczyć nawet najsilniejsze wspólnoty.