新田真剣佑

Enkele jaren na de gebeurtenissen uit de eerste film is het Jaegerprogramma ten prooi gevallen aan corruptie en zijn de massavernietigingswapens in verkeerde handen gevallen. De machine Gipsy Avenger is hiervan een voorbeeld.

De weesjongen Seiya gaat op zoek naar zijn ontvoerde zus en ontdekt dat hij over verborgen krachten beschikt. Hij wordt door Alman Kido benaderd om met enkele anderen de Ridders van de Zodiac te vormen. Samen dienen ze de godin Athena en de aarde te beschermen. Een geheime organisatie onder leiding van Guraad heeft het gemunt op Athena's krachten.

Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".

Een tiener genaamd Josuke Higashikata ontdekt dat hij bovennatuurlijke krachten bezit. Deze heeft hij geërfd door een vervloekte en bizarre bloedlijn, verspreid over enkele generaties. Wanneer Josuke ontdekt dat iemand in zijn geboortestad een gelijkwaardige macht bezit, gaat hij op een avontuur om de mysterieuze bedreiging te ontdekken.