Benny & Joon volgt het ontroerende verhaal van twee zussen: Benny, de zorgzame en praktische broer die voor zijn jongere zus Joon zorgt, en Joon zelf, een jonge vrouw die kampt met een psychische aandoening en moeite heeft haar plek in de wereld te vinden. Wanneer de excentrieke Sam in hun leven verschijnt—een stille, speelse man die zichzelf modelleert naar de stomme filmheld Buster Keaton—brengt hij met zijn fysieke humor en zachte eigenzinnigheid onverwachte vreugde in hun huishouden.
Wat volgt is een eigenzinnige, tedere liefdesgeschiedenis die grenzen verkent tussen zorg, vrijheid en acceptatie. De film wisselt komische, bijna slapstickachtige scènes af met intieme momenten van kwetsbaarheid, en laat zien hoe begrip en creativiteit mensen kunnen openbreken en helen. Het is een charmante en warme vertelling over liefde die niet volgens het boekje verloopt, maar juist daardoor bijzonder wordt.