På 1940-tallet, på en øde, skotsk øy der vinden aldri virker å stilne, ligger St. Augustine-klosteret som en øy av fromhet og frykt. Søstrene gjør forberedelser til en nært forestående storm og bærer samtidig byrden av krigens skygger, men roen rives i filler når et spedbarn blir funnet på trappen. Den isolerte settingen og den tiltagende uvissheten skaper en kvelende atmosfære der hver skygge føles som en dom.
Da Søster Agnes blir overbevist om at barnet er djevelens verk, utløses en kamp mellom overbevisning og barmhjertighet som river i fellesskapet. Hennes forsøk på å sette sine hensikter ut i livet fører til at hun blir innelåst, men låsene stopper ikke de mørke hendelsene som følger. Stormen raser utenfor mens mystiske og grusomme episoder tvinger de gjenværende søstrene til å stille spørsmål ved både tro og virkelighet.
I sentrum står Søster Eleanor, som må konfrontere sin egen skyld og finne en vei til bot og overlevelse. Hun presses til å balansere medfølelse mot frykt, og valgene hun gjør har både menneskelige og åndelige konsekvenser. Filmen lar publikum undre seg over om ondskapen som herjer er overnaturlig eller et speil av menneskelig desperasjon og kollektiv panikk.
The Baby in the Basket er en langsom, intens psykologisk grøsser der klaustrofobisk kinematografi og sterke skuespillerprestasjoner forsterker temaene tro, tvil og forløsning. Den opprettholder en konstant følelse av ubehag og moralens skjørhet, og etterlater seeren med spørsmål om hva som kan rettferdiggjøre ekstrem handling i møte med frykt.