Ronald D. Moore

休暇中のイーサンのもとに、緊急指令が下った。それはテロ集団に奪われた致死細菌“キメラ”の奪回。早速新チームが編成されるが、そこには見知らぬ女盗賊・ナイアの名があった。不審に思いながら、イーサンは彼女に接近を図る。

人類を同化するというボーグの最初の試みが失敗してから6年。ボーグは再び人類を同化するため侵略を開始した。彼らはゼフラム・コクレーンによる人類初のワープ飛行を阻止し、人類が彼らに抵抗できる技術力を持つ前に同化を完了するために過去にタイムトラベルした。ピカード艦長と彼の乗組員は新たに建造されたUSSエンタープライズEで過去の地球へタイムトラベルし、ボーグの企みを阻止しなければならない。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。