Herman F. Zimmerman

一等航海士のライカーとカウンセラーのトロイの結婚が決まり、トロイの故郷ベタゾイドで行われる祝宴に向かうピカード艦長とエンタープライズ号のクルーたち。途中、ある惑星でデータそっくりの不審なアンドロイドを発見。原因不明のまま、ひとまず航行を続けていたエンタープライズに、今度は艦隊司令部のジェーンウェイ提督から長年対立関係にあったロミュランに向かうよう緊急指令が入る。ロミュランに政変が起り、新執政官シンゾンから講和を結びたいとの申し入れがあったというのだ。急ぎ、エンタープライズはロミュランに進路をとるのだった。

人類を同化するというボーグの最初の試みが失敗してから6年。ボーグは再び人類を同化するため侵略を開始した。彼らはゼフラム・コクレーンによる人類初のワープ飛行を阻止し、人類が彼らに抵抗できる技術力を持つ前に同化を完了するために過去にタイムトラベルした。ピカード艦長と彼の乗組員は新たに建造されたUSSエンタープライズEで過去の地球へタイムトラベルし、ボーグの企みを阻止しなければならない。

ニューヨーク市警殺人課の刑事ニック・コンクリン（ダグラス）は妻と離婚し、その子供の養育費を稼ぐのに日々苦労していた。そして、彼はある事件の麻薬密売品の押収品（金）を横領した嫌疑をかけられ、内務捜査官たちから査問を受けていた。そんなある昼下がり、ニックと、同僚のチャーリー・ビンセント（ガルシア）は、レストランに居た日本のヤクザの幹部と子分を、もう一人のヤクザが刺殺する現場に出くわす。追跡の末に男を逮捕するものの、日本国内での犯罪で指名手配されていたため、その男-佐藤（松田）を日本に護送することになった。

地球の中世時代のよう牧歌的な雰囲気をもつバクー人の惑星で調査活動を続けていたアンドロイドのデータ少佐に異変が起きた。実はバクー星は、基地も隊員もホログラム映像で偽装し、惑星連邦とソーナ人が共同で密かに観察していたのだ。誤作動が起こったデータはホログラムを解除、隊員達を人質にしてしまった。エンタープライズ号艦長ピカードはバクーに駆けつけ、ソーナ人のルアフォ総統に破壊されようとしていたデータを何とか回収した。ピカードはデータ誤作動の原因を解明していくうちに、バクー人の惑星は不老不死をもたらす特殊な放射線に包まれており、ゾーナ人が連邦のダワティ提督と共謀してバクー人を強制移住させ、永遠の若さの秘密を手に入れようと企んでいたことがわかった。この計画を阻止すべく、ピカードたちは連邦に逆らってでもこの惑星を守ることを決意、ゾーナの巨大戦艦2隻と戦いを繰り広げる。

宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。

23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。