Carl Steven

自宅の研究室で電磁物体縮小装置を開発している、科学者サリンスキー。ところが彼の留守中、研究室に飛び込んだ野球ボールの衝撃で装置が作動し、偶然部屋に来たサリンスキーの子供エミーとニック、隣に住むロンとラスの４人は、装置から放たれた光線によって約６ミリのサイズに縮められてしまう。誰にも気づかれないまま、ゴミと一緒に裏庭に捨てられてしまった４人の子供たちは、家に帰り着こうと悪戦苦闘する。

USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。