Thomas W. Stewart

怪獣の研究・保護を目的とする秘密機関モナーク機関の基地を、謎の武装集団が襲撃。女性研究者のエマ・ラッセル博士と娘のマディソンが拉致される事件が発生する。モナークの芹沢は、拉致の原因はエマが研究を進めていたオルカ装置にあるとにらむ。それは怪獣と共鳴する音を発生させ、怪獣を操ることをも可能にする危険な装置だった。芹沢はかつてエマと共同でオルカ装置を研究し、夫でもあったマーク・ラッセルに助けを求める。誰よりもオルカ装置の恐ろしさを知るマークは悪用される前に、一刻も早く怪獣を死滅させるように訴える。しかし、時すでに遅し。異変を察知したゴジラが姿を現した。さらに中国からモスラ、カリブの火山からラドン、南極大陸からキングギドラが目を覚まし、世界各地を怪獣が蹂躙。怪獣同士が覇権争いのバトルを繰り広げる中、誘拐されたエマとマディソン、そしてオルカ装置の奪還に向けてモナークは動き出す。

ミッチの妻・ベスは、香港への出張後にシカゴで元恋人と密会していたが、せきと熱の症状が出始める。同じころ香港、ロンドン、東京で似たような症状で亡くなる人が続出。フリージャーナリストのアランは伝染病ではないかと考え始める。

夢の中で世界滅亡を意味するかのような光景を目にしたノア。それが神からのお告げであり、全世界を飲み込むほどの大洪水がやって来ると悟った彼は、その日から家族と共に一心不乱になって巨大な箱舟を造る。さらに、生命を絶やさぬようにと、この世の全ての種類の動物を次々と箱舟に乗せていく。だが、ノア一家の前に不安に駆られて箱舟を奪おうとする者たちが立ちはだかる。