Mohammed Ali

Kuolemaan tuomittu Cal Lynch päätyy osalliseksi Abstergo Industriesin pyörittämää Animus-projektia, jossa samaa nimeä kantavalla laitteella pyritään kartoittamaan koehenkilöiden geneettistä muistia. Lynchin suonissa virtaa 1400-luvun Espanjassa temppeliherroja vastaan taistelleen salamurhaaja Aguilar de Nerhan veri. Animuksen avulla Lynch lähetetään takaisin menneisyyteen, inkvisition runtelemaan Espanjaan paikantamaan Abstergo Industriesin hamuamaa voimallista taikaesinettä, Eedenin omenaa. Lynchin tietoja ja taitoja tarvitaan nyt taistelussa mahtavaa ja tyrannimaista Templar-organisaatiota vastaan.

Alice Racine oli aiemmin yksi CIA:n pääkuulustelijoista, mutta hänen uransa suistui raiteiltaan, kun hän ei onnistunut kymmenien viattomien ihmishenkien pelastamisessa terroristihyökkäyksessä Pariisissa. Alice viettää nyt rauhallista elämää Lontoossa. Täysin odottamatta hänet kutsutaan taas kentälle, kun CIA ottaa kiinni epäillyn, jolla uskotaan olevan suoraa tietoa uudesta ja lähitulevaisuudessa tapahtuvasta hyökkäyksestä.