In den stürmischen 1940er Jahren erwacht auf einer abgelegenen schottischen Insel ein Klosterhaus voller Anspannung: Die Nonnen des Konvents bereiten sich auf einen drohenden Orkan vor, als eines Nachts ein weinender Säugling in einem Korb vor der Tür abgelegt wird. Die unerwartete Ankunft bringt nicht nur Fürsorge, sondern auch Furcht. Während der Wind um die Mauern peitscht, wächst die Sorge – und mit ihr die Frage, was dieses Kind wirklich bedeutet.
Schwester Agnes ist überzeugt, dass das Kind das Böse selbst ist, und ihre Angst treibt sie zu radikalen Entscheidungen, die in einem verzweifelten Versuch gipfeln, das Unheil zu stoppen. Nachdem Agnes weggeschlossen wird, eskalieren die Ereignisse: Dunkle Vorfälle, innere Zwiespälte und unerklärliche Erscheinungen treiben die Schwestern an die Grenzen ihres Glaubens und ihrer Vernunft. Inmitten von Misstrauen und religiöser Hysterie kämpft Schwester Eleanor darum, Buße zu tun, die Gemeinschaft zu schützen und in der Nacht des Sturms zu überleben.
Der Film verwebt klaustrophobische Atmosphäre mit moralischen Dilemmata und hinterfragt, ob das wahre Böse von außen kommt oder aus den Herzen derer, die am meisten vorgeben zu retten. St. Augustine wird zum Schauplatz eines psychologischen Albtraums, in dem Glaube, Schuld und Furcht aufeinandertreffen – und jede Entscheidung über Leben und Tod über das Schicksal der Seelen entscheidet.