I Godzilla Against MechaGodzilla (2002) rykker en ny Godzilla frem fra havet ved Tateyama og tvinger JSDF til at reagere. Som svar genopbygges et kæmpemæssigt cyborg-våben, Kiryu, ud fra rester af det oprindelige monster – en maskine bygget lige så meget på teknologi som på fortidens ruiner. Midt i det kaos står piloten Akane, hvis skæbnesvangre møde med det nye bæst bringer både fare og erindringer op til overfladen.
Filmen blander spektakulær kamp mellem monster og maskine med mere menneskelige temaer: arv, skyld og søgen efter mening. Kiryu viser sig at bære et uroligt spor af den oprindelige Godzillas sjæl, og Akane må samtidig kæmpe med egne tab og sin evne til at værdsætte sit eget liv. Resultatet er en både følelsesladet og actionfyldt fortælling om, hvordan fortiden kan hjemsøge nutiden, og hvordan mennesker finder styrke midt i ødelæggelse.