I en mørk og vindblæst 1940’ers skotsk ø-verden samler nonnerne sig på Skt. Augustins kloster, mens en storm truer med at lukke verden ude. Da et spædbarn lægges på kirketrappen, bryder en bølge af frygt og forargelse ud: den strenge søster Agnes bliver overbevist om, at barnet er Djævelen selv og insisterer på, at det må fjernes for at beskytte resten af huset. Den tilsyneladende hellighed i klosteret bliver hurtigt overskygget af mistanke og religiøs panik.
Efter at Agnes bliver afsonet og låst inde, løber begivenhederne løbsk, og stormens rasen synes at spejle den indre opstandelse hos de øvrige søstre. Hverdagens ritualer forvandles til prøvelser af troen, og grænsen mellem åndeligt forfald og psykologisk gru bliver stadig mere sløret. Mystiske hændelser og personlige brudflader tvinger kvinderne til at konfrontere hvad de faktisk tror på — og hvad de er villige til at gøre i fraværet af svar.
I centrum står søster Eleanor, hvis kamp for bod og overlevelse driver historiens følelsesmæssige tyngde. Hun må navigere mellem skyld, medfølelse og frygt i et sted, hvor moralens absolutte regler ingen længere tør stole på. Filmen udspiller sig som en klaustrofobisk og stemningsfuld afdækning af tro, skyld og moderlighed — en langsomt intensiverende prøvelse, der lader spørgsmål om frelse og ondskab hænge ubesvarede i den stormfulde nat.